基因表現量定序
Differential Gene Expression (DGE) 是RNA-Seq最常被運用分析策略。在不同組織、不同發育階段、或是處於不同環境下，生物體之 mRNA 表現均不相同。藉由參考序列 (Whole-Genome or Transcriptome)，搭配適當的生物資訊分析，可計算出樣品之各基因表現量，也可進行樣品間的基因差異表現量計算。
基米特色：
- 全程 Made in Taiwan
- 採用 Illumina 原廠試劑進行建庫與定序；並提供兩種建庫策略：mRNA建庫法或 RNA Exome 建庫法，可依照樣品類型和品質進行選擇。
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【mRNA建庫法】
採用 oligo dT 抓取帶有 poly-A-tailed mRNA (coding mRNA) ，後續製程保留鍊特異性 (Strand-specific)，可針對回貼到的 genes / isoforms 完成差異表達分析。
【RNA Exome 建庫法】僅限人類
採用TruSeq RNA Exome試劑組，建庫製程同樣保有鍊特異性，而後透過高專一性的探針系統，有效抓取Human Exome區域，使定序數據可有效運用在RNA Exome區域。此建庫法具有三大應用優勢：針對Exome區域定序以降低定序成本、低品質RNA樣品也可得到高品質數據、可支援低起始量樣品。這項技術提供了福爾馬林固定、石蠟包埋 (FFPE) 組織和其他低品質樣本中分離的人類 RNA 提供了解決方案，能從有限的珍貴檢體中取得RNA exome表達的數據。
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標準分析內容：
1. 原始數據品管 (Quality Filtering)
2. 基因表現量分析
3. 基因差異表現
4. 基因功能的差異表現
－GO 富集分析
－KEGG 富集分析
－DO 富集分析
－GSEA分析
－蛋白質間交互作用
5. 樣品相關性分析
物種限制：以Human, Mouse, Rat, Zebra fish為主；非上述模式物種請提供物種學名，適用於已知、資料庫完整且為註解正確。
【mRNA建庫法】
| 真核生物－樣品類型 | 定量分析 | 定性分析 | ||
| 體積 (μl) | 總量 (μg) | 濃度 (ng/μl) | Fragment Analyzer | |
| Total RNA of Human, Rat, Mice | ≥20 | ≥ 1 | ≥ 40 | RQN ≥ 6.5 |
| Total RNA of Plant, Fish, Insect, Shrimp, Fungi, and Others | ≥20 | ≥ 2 | ≥ 40 | RQN ≥ 6.5 |
【RNA Exome 建庫法】僅限人類
| 樣品類型 | 定量分析 | 定性分析 | ||
| 體積 (μl) | 總量 (μg) | 濃度 (ng/μl) | Fragment Analyzer | |
| FFPE RNA of Human | ≥20 | ≥ 0.2 | ≥ 10 | %(DV200 bp) ≥ 70% |
定序平台：NovaSeq, 150PE
數據量：≥ 20M reads/sample；可視需求加高數據量