總基因體學定序


Cat. No. / ID: Meta_Metagenomics Sequencing  

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用來鑑定複雜族群以瞭解樣品中群組多樣性資訊,廣泛用於生態環境的微生物、宿主內微生物以及醫藥領域的研究。

基米特色:

1. 全程 Made in Taiwan
2. 採用 Illumina 原廠試劑進行建庫與定序
3. 專業生物資訊人員結題服務

直接萃取複雜族群的 gDNA mixture 進行Shotgun 建庫,當數據深度足夠時甚至可組裝出細菌之全基因體。

標準分析內容
1. 原始數據品管 (Quality Filtering)
2. 基因體組裝 (Assembly)
3. 序列分群 (Binning)
4. 基因預測 (Gene Prediction)
5. 物種註釋 (Species Composition)
6. 菌種豐富度分析
-α多樣性分析
-β多樣性分析
7. 組間差異進階統計分析 (如:PCA、PCoA、NMDS、UPGMA、LEfSE、ANOSIM、MRPP、DCA 、CCA、RDA、Function)
8. 功能資料庫分析

樣品類型 總量 (μg) 體積 (μl) 濃度 (ng/μl) OD260/280 OD260/230
Genomic DNA (for PCR-free) ≥ 2 ≥ 20 ≥ 30 1.8-2.0  ≥ 2.0

 

定序平台 定序儀 建議深度
Illumina NovaSeq 150PE ≥ 10 Gb