全基因體甲基化定序
表觀遺傳學是人類基因體研究中迅速發展的領域，DNA甲基化現象可調控轉錄，進而影響基因表達。目前已知許多人類疾病的生成皆與表觀遺傳修飾有密切的關係，如各種癌症、胚胎發育及神經學疾病等。有別於過去經常使用Bisulfite將基因體中未甲基化修飾的胞嘧啶C轉化為尿嘧啶U的Whole Genome Bisulfite Sequencing，基龍米克斯利用酵素法進行轉換，大大降低Bisulfite對於DNA造成的損傷。
基米特色：
- 全程 Made in Taiwan
- 採用 NEBNext Enzymatic Methyl-Seq 試劑進行建庫與定序
- 使用Enzymatic conversion取代傳統Bisulfite方法，避免DNA受到損傷
Enzymatic Methylation Sequencing (EM-seq) 利用酵素法將DNA上的胞嘧啶 (C)轉換為尿嘧啶 (U)，如果胞嘧啶(C)受到甲基化修飾，則不會受酵素影響。
相較於傳統化學法亞硫酸鹽反應(Bisulfite conversion)，可能會造成DNA的損傷以及在GC content較高的區域容易出現GC bias，基米採用的酵素法能夠完美避免上述缺點。
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- 標準分析內容：
- 原始數據品管 (Reads Quality Filtering)
- 甲基化偵測 (Methylation level calling)
- 甲基化差異結果 (Differentially Methylation Result)
- 甲基化註解 (Methylation Annotation)
－GO 富集分析
－KEGG 富集分析
| 樣品類型 | 體積(μl) | 總量(μg) | 濃度(ng/μl) | OD260/280 | OD260/230 |
| Genomic DNA | ≥ 20 | ≥ 0.5 | ≥ 10 | 1.8 - 2.2 | ≥ 2.0 |
- 定序平台：NovaSeq, 150PE
- 數據量： 深度建議 30X coverage