Single Cell RNA-Seq

Single Cell RNA-Seq

Cat. No. / ID: 10x_RNA-Seq  

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獨家專利的10x Next GEM Technology讓每顆細胞標註獨特的barcode，以高通量方式分析單顆細胞的基因序列。

  1. 單次實驗可捕獲500-10000顆細胞，偵測每顆細胞的個別基因表現，鑑別罕見的細胞類型。
  2. 揭示細胞異質性，可應用於腫瘤微環境、胚胎發育、神經退化性疾病等研究。
  3. 可搭配Feature barcode technology，同時評估CRISPR調控的基因擾動、或膜表面蛋白，增加對細胞分群的新見解。

GEM (gel bead-in-emulsion)

為油滴包裹的微滴構造，內含一顆細胞與一顆凝珠膠體(gel bead)，經反轉錄作用合成帶有專一barcode的cDNA fragment。GEM可使來自同顆細胞的基因序列均帶有相同barcode，提供分析的細胞標記。

Single Cell 3' v3.1 Gel Bead

每顆gel bead表面有上百萬條oligo序列，包含後續建庫用的TruSeq Read 1 sequence、標定細胞來源的10x barcode (10x BC)、定量用的unique molecular identifier (UMI)，及與mRNA互補的poly(dT) VN。在GEM中，poly(dT)會與細胞內mRNA的poly(A)互補配對，藉由反轉錄作用合成帶有10x barcode序列的cDNA。

  1. Sample preparation 需自行製備，可點擊參考demonstrated protocol
  2. 基米人員會於現場進行部分流程，屆時請實驗室準備相關設備及耗材。
  3. 待新鮮細胞懸浮液製備完成後，現場交由基米人員進行Cell QC及GEM包覆。
  • 新鮮細胞懸浮液、PBMC、裂解後組織細胞
  • Cell viability >70%(90%尤佳)
  • Cell concentration：700-1200 cells/μl
  • Cell volume >50 μl

定序深度建議：> 20,000 reads/cell