Universal 5' Gene Expression
搭配10x GEM-X單細胞的分析平台上，檢測免疫細胞的組譜多樣性 (Immune repertoire diversity)與單細胞RNA-seq，為免疫治療帶來全新曙光。
- 建庫試劑與晶片再升級，單次實驗可捕獲最大細胞數提升至20,000顆，同時也增加細胞捕捉效率與靈敏度。
- 提供人類與小鼠的TCR/BCR的檢測方案，分析V(D)J segments的完整序列，也可同時進行單細胞RNA-Seq。
- 探討細胞異質性 (Cellular heterogeneity)，應用於研究腫瘤微環境、自體免疫疾病發展歷程、藥物免疫反應與臨床上移植術後追蹤等。
V(D)J Recombination
哺乳動物的免疫細胞於成熟階段時，在初級淋巴器官中會經V(D)J發生隨機重組以產生不同種類的受體(Receptor)，使T細胞和B細胞得以辨認更多種類的抗原(antigen)，增加免疫系統的組譜多樣性 (Immune repertoire diversity)。
Single Cell 5' v3 Gel Bead
每顆gel bead表面有上百萬條oligo序列，包含後續建庫用的TruSeq Read 1 sequence、標定細胞來源的10x barcode (10x BC)、定量用的unique molecular identifier (UMI)，及template switch oligo (TSO)。在GEM中，游離的Gel bead primer會與細胞內目標mRNA經由反轉錄作用，合成帶有10x barcode序列的cDNA。
- Sample preparation 需自行製備，可點擊參考demonstrated protocol
- 基米人員會於現場進行部分流程，屆時請實驗室準備相關設備及耗材。
- 待新鮮細胞懸浮液製備完成後，現場交由基米人員進行Cell QC及GEM包覆。
- 新鮮人類或小鼠的細胞懸浮液、PBMC
- Cell viability >70% (90%尤佳)
- Cell concentration：1300-1600 cells/μl
- Cell volume >200 μl
定序深度建議：V(D)J Library > 5,000 reads/cell、5' RNA Library >20,000 reads/cell