ITS 定序
真菌屬於真核生物，其中包含酵母、黴菌以及各類蕈類。ITS序列是內源轉錄間隔區（Internally Transcribed Spacer），位於真菌18S、5.8S和28S rRNA基因之間，ITS 片段在進化過程中承受的自然選擇壓力非常小,因此能容忍更多的變異。在絕大多數的真核生物中表現出了極為廣泛的序列多態性, 而這種特點使ITS 適合於真菌物種的分子鑑定以及屬內物種間或種內差異較明顯的菌群間的系統發育關係分析。
針對真菌ITS序列進行專一性目標定序，透過將定序得到的ITS序列與已知真菌ITS序列比較，得知樣品中真菌分類與組成訊息。
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| 樣品類型 | 總量 (μg) | 體積 (μl) | 濃度 (ng/μl) | OD260/280 | OD260/230 |
| Genomic DNA | ≥ 0.5 | ≥ 20 | 20 – 100 | 1.8-2.0 | ≥ 2.0 |
| 定序平台 | 定序儀 | 定序區域 | 建議深度 |
| Illumina | MiSeq 300PE | ITS1 (300 ~ 500 bp) | 10,000 ± 10% raw reads/sample |