真核轉錄體定序

真核轉錄體定序

Cat. No. / ID: RNASeq_Eukaryotic Transcriptome  

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探討基因表達及基因序列的主要工具，能夠獲得特某一組織或器官在特定狀態下所有轉錄體序列資訊，需透過組裝的方式，取得所有轉錄體序列資訊，廣泛應用於基礎研究、臨床診斷和藥物研發等領域。

基米特色：

  1. 全程 Made in Taiwan
  2. 採用 Illumina 原廠試劑進行建庫與定序
  3. 專業生物資訊人員結題服務

【mRNA建庫法】

採用 oligo dT 抓取帶有 poly-A-tailed mRNA (coding mRNA) ，後續製程保留鍊特異性 (Strand-specific)，可針對回貼到的 genes / isoforms 完成差異表達分析。

  • 標準分析內容：
  1. 原始數據品管 (Quality Filtering)
  2. 基因表現量分析
  3. 基因差異表現
  4. 基因功能的差異表現
－GO 富集分析
－KEGG 富集分析
 
  • 依照組裝方式分為三種流程：
  1. Transcriptome de-novo：無參考序列之組裝
  2. Transcriptome ref-based：有參考序列之組裝
  3. Transcriptome DGE：跳過組裝流程，僅適用於已知且有資料庫的非模式生物
真核生物－樣品類型 定量分析 定性分析
體積 (μl) 總量 (μg) 濃度 (ng/μl) Fragment Analyzer
Total RNA of Human, Rat, Mice ≥20 ≥ 1 ≥ 40 RQN ≥ 6.5
Total RNA of Plant, Fish, Insect, Shrimp, Fungi, and Others ≥20 ≥ 2 ≥ 40 RQN ≥ 6.5

 

定序平台：NovaSeq, 150PE
數據量：≥ 20M reads/sample；可視需求加高數據量