16S rDNA 定序
16S rDNA 為原核生物核糖體小次單元的重要組成，其包含數個保守和變異區域 (V1-V9)，這些變異區域已是研究細菌分類鑑定的指標。廣泛用於生態環境的微生物、宿主內微生物以及醫藥領域的研究。
基米特色：
1. 全程 Made in Taiwan
2. 根據需求採用 Illumina、Pacbio 原廠試劑進行建庫與定序
3. 專業生物資訊人員結題服務
4. 16S線上小教室
利用高專一性引子對將 16S gene 增幅出來，可更經濟地將定序數據應用於菌相多樣性與豐富度分析。我們提供短片段 (16S V3-V4) 與全長 (16S full-length) 定序服務，能夠依照您的研究目的和實驗預算選擇最適合的解決方案！
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標準分析內容
1. 原始數據品管
2. ASV (Amplicon Sequence Variant) 與豐度分析
3. 菌種鑑定與註釋
4. 菌種豐富度分析
－α 多樣性分析：單一樣本內的物種豐富度與物種均勻度之指標
－β 多樣性分析：任意兩樣本間的多樣性
5. 組間差異進階統計分析 (如：PCA、PCoA、NMDS、UPGMA、LEfSE、ANOSIM、MRPP、DCA、CCA、RDA、function)
| 樣品類型 | 總量 (μg) | 體積 (μl) | 濃度 (ng/μl) | OD260/280 | OD260/230 |
| Genomic DNA for illumina 16S v3v4 | ≥ 0.5 | ≥ 20 | 20 – 100 | 1.8-2.0 | ≥ 2.0 |
| Genomic DNA for Pacbio 16S full-length | ≥ 0.5 | ≥ 20 | ≥ 100 | 1.8-2.0 | ≥ 2.0 |
| 定序平台 | 定序儀 | 定序區域 | 建議深度 |
| Pacbio | Sequel lle | V1-V9 (約1.5K全長) | 20,000 ± 10% HiFi reads |
| Illumina | MiSeq 300PE | V3-V4 (約460 bp) | 50,000 ± 10% raw reads |