簡化基因體-限制酶點位核酸定序

限制酶點位核酸定序法 (Restriction-site Associated DNA Sequencing, RAD-Seq) 是一種簡化基因體學技術,常被應用於演化學、族群遺傳學、種化分析、生物地理學或田野調查,其技術能分析出大量的 SNP 分子標記,並完成這些分子標記基因型的定型。適合使用於目標物種沒有基因體參考序列、或是沒有適當的分子標記系統之物種。
技術優勢:
- 適用於大量樣品分析:找出族群間變異區域
- 提高有效數據比例:同時處理大量基因片段與變異位點 (SNPs)
- 降低定序成本:以限制酶簡化後的基因組已由限制切位和片段篩選,減少定序資源
- RAD-Seq 基礎分析:組裝分析,並產出 VCF, NEX, STR檔案
- RAD-Seq 進階分析:親緣關係樹、族群結構變異分析
樣品類型 | 體積 (μl) | 總量 (μg) | 濃度 (ng/μl) | OD260/280 | OD260/230 |
Genomic DNA | ≥ 20 | ≥ 0.5 | ≥ 10 | 1.8 - 2.2 | ≥ 2.0 |
★註:RAD-Seq項目需搭配酵素測試報告進行判讀。DNA點收報告僅評估是否足夠進行酵素測試,最終判定結果需以酵素測試報告為主。
- 樣品數限制:48個
- 定序平台:NovaSeq, 150PE
- 數據量: 25Gb