原核轉錄體定序

微生物在特定環境或時期中會表現出基因表達差異性,以此應對環境變化。原核轉錄體定序可獲得特定時期或者環境下微生物體內所有轉錄本的表達量差異以及功能特徵,找出關鍵功能基因。
基米特色:
1. 全程 Made in Taiwan
2. 採用 Illumina 原廠試劑進行建庫與定序
3. 專業生物資訊人員結題服務
利用Ribo-Zero執行rRNA Depletion,利用磁珠法將rRNA洗去,因此留下的RNA則是具有高度研究興趣的RNA種類。因Ribo-Zero具有物種選擇性,基米目前採用優化版本的Ribo-Zero Plus能有效去除細菌rRNA;採用鍊特異性建庫方式 (Strand-specific)。
標準分析內容:
1. 原始數據品管 (Quality Filtering)
2. 參考基因組序列比對 (Mapping / Alignment)
3. 差異表達基因
4. 基因功能的差異表現
-GO 富集分析
-KEGG 富集分析
物種限制:請提供物種學名,需於NCBI / Genome 2D / KEGG 資料庫中確認資訊
原核生物-樣品類型 | 定量分析 | 定性分析 | ||
體積(μl) | 總量(μg) | 濃度(ng/μl) | Fragment Analyzer | |
Total RNA | ≥ 20 | ≥ 1 | ≥ 40 | RQN ≥ 6.5 |
定序平台:NovaSeq, 150PE
數據量:≥ 10M reads/sample;可視需求加高數據量