細菌全基因體定序
針對無參考序列的非模式物種，透過全基因體定序進行基因體組裝，產生高品質且環化的參考基因組，能夠確認毒力 (toxicity)、毒性 (virulence) 與抗藥性基因；更能清楚識別菌株與血清型，用以追蹤人類與動植物疾病病原體變化。基米提供兩種三代定序細菌全基因體組裝方案：ONT 與 PacBio，研究者可依照實驗目的與預算進行彈性選擇。
技術優勢：
1. 三代定序可產生具有成為參考文獻的組裝結果 (Reference-quality assemblies) ，提供高品質全基因體組裝。
2. 細菌使用 PacBio 組裝可達到 One Genome One Contig。
3. 細菌使用 ONT 組裝可另外選擇加購NGS data polishing。
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標準分析內容：
1. 原始數據品管 (Reads Quality Filtering)
2. 基因體組裝 (Genome Assembly)
3. 基因預測 (Gene Prediction)
4. 註解 (Annotation)
－核苷酸比對 (Contig annotation)：BlastN
－蛋白質比對 (Functional annotation)：BlastP / BlastX
5. 蛋白質功能性分析進階分析 (Functional Analysis)
－COG資料庫
－GO資料庫
－KEGG資料庫
－抗藥基因資料庫
6. 染色體圖譜
| 定序平台 | 總量 (μg) | Qubit / Nanodrop (Q/N) Ratio | 體積 (μl) | 濃度 (ng/μl) | OD260/280 | OD260/230 |
| PacBio | ≥ 10 | ≥ 0.5 | ≥20 | ≥ 100 | 1.8-2.0 | ≥ 2.0 |
| ONT | ≥ ２ | N/A | ≥20 | ≥ 100 | 1.8-2.0 | ≥ 2.0 |
| 定序平台 | 數據量 | 備註 |
| PacBio | 20X HiFi coverage | 需事先提供物種學名與基因體大小 |
| ONT | ≥ 1 Gb | 需事先提供物種學名與基因體大小 |